اهداف و ماموریت‌های معاونت امور طلاب و دانشجویان به شرح زیر است:

1-نظارت بر فعالیتهای مربوط به ارائه تسهیلات دانشجویی و برنامه های رفاهی طلاب و دانشجویان مدرسه عالی.

2- نظارت بر امور مربوط به ارتباط گیری با حوزه علمیه و اعزام دانشجویان مدرسه به آن­جا و اشتغال به تحصیل آنان در حوزه های قم و مشهد برابر قانون اعزام دانشجویان و طلاب مدرسه به حوزه و آئین نامه های مربوط.

3- نظارت بر اجرای دقیق فرایند معمم کردن طلاب برابر قانون و آئین نامه های مربوط به عمامه گذاری دانشجویان و طلاب مدرسه.

 4-نظارت بر امر اعطای شهریه طلاب.

5-نظارت و پشتیبانی امور مربوط به اعطای وام­های دانشجویی به افراد واجد شرایط.

6- رسیدگی به امور مربوط به مسائل و مشکلات دانشجویان و طلاب اعم از دینی، تحصیلی، ازدواج، جهت رفع مشکلات و بهبود وضعیت ایشان و ارائه طرحهای لازم در این زمینه.

7- نظارت بر امر اجرای برنامه‌های ورزشی و فوق برنامه و اردوهای دانشجویی.

8- نظارت بر امور انضباطی و اخلاقی و تهذیبی دانشجویان و ارائه راهکار جهت بهبود وضعیت اخلاقی و تهذیبی ایشان.

9- نظارت بر امورمعیشتی، تغذیه و خوابگاهی دانشجویان و طلاب.

10- نظارت بر امور واحدهای صنفی مستقر در مدرسه عالی.

11- نظارت بر کارکرد مرکز مشاوره حوزه معاونت.

12- ایجاد هماهنگی و نظارت بر کلیه امور فرهنگی، خدماتی و رفاهی طلاب و دانشجویان در شعب مدرسه در سطح کشور.