اهداف و مأموریت‌های معاونت امور طلاب و دانشجویان به شرح زیر است:

1-نظارت بر فعالیت‌های مربوط به ارائه تسهیلات دانشجویی و برنامه‌های رفاهی طلاب و دانشجویان مدرسه‌عالی.

2- نظارت بر امور مربوط به ارتباط‌گیری با حوزه علمیه و اعزام دانشجویان مدرسه‌عالی به آنجا و اشتغال به تحصیل آنان در حوزه‌های قم و مشهد برابر قانون اعزام دانشجویان و طلاب مدرسه‌عالی به حوزه و آئین‌نامه‌های مربوط.

3- نظارت بر اجرای دقیق فرایند معمم کردن طلاب برابر قانون و آئین‌نامه‌های مربوط به عمامه گذاری دانشجویان و طلاب مدرسه‌عالی.

 4-نظارت بر امر اعطای شهریه طلاب.

5-نظارت و پشتیبانی امور مربوط به اعطای وام‌های دانشجویی به افراد واجد شرایط.

6- رسیدگی به امور مربوط به مسائل و مشکلات دانشجویان و طلاب اعم از دینی، تحصیلی، ازدواج، جهت رفع مشکلات و بهبود وضعیت ایشان و ارائه طرح‌های لازم در این زمینه.

7- نظارت بر امر اجرای برنامه‌های ورزشی و فوق‌برنامه و اردوهای دانشجویی.

8- نظارت بر امور انضباطی و اخلاقی و تهذیبی دانشجویان و ارائه راهکار جهت بهبود وضعیت اخلاقی و تهذیبی ایشان.

9- نظارت بر امور معیشتی، تغذیه و خوابگاهی دانشجویان و طلاب.

10- نظارت بر امور واحدهای صنفی مستقر در مدرسه‌عالی.

11- نظارت بر کارکرد مرکز مشاوره حوزه معاونت.

12- ایجاد هماهنگی و نظارت بر کلیه امور فرهنگی، خدماتی و رفاهی طلاب و دانشجویان در شعب مدرسه‌عالی در سطح کشور.